Pada Periode 1996-2000, Yayasan KOPPESDA masih merupakan kelompok kerja Koonservasi Sumber Daya ALam (Pokja KSDA) Konsorsium Pengembangan Masyarakat Dataran Nusa Tenggara (KPMDNT), pada periode ini KOPPESDA berperan penting dalam upaya pengembangan pengembangan metodologi pengkajian aksi partisipatif dengan tujuan pengelolaan sengketa, pengembangan pengelolaan sumberdaya alam berbasis masyarakat, peningkatan partisipasi masyarakat, serta pelengkapan data dan informasi berbagai aspek dalam rangka pengembangan 8 Kawasan Prioritas di Nusa Tenggara (Kawasan TN Laiwanggi Wanggameti dan TN Manupeu Tanadaru di Sumba, Kawasan Konservasi Riung di Flores, Cagar Alam Gunung Mutis di Timor, Kawasan Hutan Gunung Rinjani di Lombok, Kawasan Hutan Gunung Tambora di Sumbawa).
Kegiatan Participatif Action Reserch (PAR), di Desa Senaru-Rinjani oleh Tim KOPPESDA
Program Kegiatan yang dilaksanakan pada periode ini, terutama berkaitan dengan pengumpulan data dan informasi dengan metode kajian partisipatif. Beberapa program yang dilaksanakan, antara lain:
1) Kajian Kritis Pengelolaan Sumber Daya Alam Berbasis Masyarakat (PSABM) pada tahun 2002 di a.) Taman Nasional Laiwanggi-Wanggameti-Sumba; b). HKM Sesaot-Lombok; c). Kawasan Konservasi Riung-Lombok, dan d). Hutan Produksi Bangkat-Sumbawa, bekerjasama dengan World Neighbors, Konsepsi Mataram, LSM Aspirasi Mataram, Yayasan Tananua Sumba, Yayasan Mitra Tani Mandiri-Flores, KMPH Sesaot, KMPH Billa, KMPH Praing Kareha, Dinas Kehutanan Propinsi NTB dan Litbang Kehutanan Kupang.
2) Participatory Action Research (PAR) Kawasan Rinjani, bekerjasama dengan World Neighbors, Pemda Propinsi NTB dan LSM Mitra KPMNT, Masyarakat sekitar kawasan Rinjani, LSM Mitra Konsorsium Pengembangan Masyarakat Dataran Nusa Tenggara (KPMNDT).
3) Pengembangan Sentra Informasi Pengelolaan Sumber Daya Alam, bekerja sama dengan World Neighbors, Ford Foundation dan Pro Air.
